Para compatibilizar desarrollo económico con calidad del medio ambiente y mejoría de la calidad de vida en el espacio rural, el PROCITROPICOS estimula la oferta de soluciones tecnológicas en el marco de Áreas Temáticas Estratégicas, de gran actualidad e importancia. 

Las Áreas Temáticas Estratégicas engloban el conjunto de Líneas Prioritarias para alcanzar los objetivos del Programa, adoptando los acuerdos y orientaciones de la Comisión Directiva , por medio de las actividades regionales de investigación, desarrollo, innovación y de cooperación técnica.  

I.   Posicionamiento de la Agricultura Tropical 

1.     Calidad y competitividad de las principales cadenas 
        agroalimentarias 
2.     Conservación y uso sostenible de los recursos fitogenéticos 
3.     Producción de energía renovable 
4.     Sistemas agrosilvopastoriles 
5.     Ictiodiversidad y acuicultura continental 

II.     Agricultura y ambiente 

1.     Gestión técnica y social del agua, suelo y cobertura vegetal 
2.     Buenas prácticas agrícolas 
3.     Producción de insumos biológicos 
4.     Manejo sostenible de los recursos naturales y servicios    
        ambientales 
5.     Reducción de las causas e innovaciones tecnológicas frente a los 
        efectos  regionales  de los cambios climáticos  

III.    Fortalecimiento institucional 

1.      Fortalecimiento institucional, integración tecnológica y
         capacitación 
2.      Apoyo a la gestión de innovación y agronegocio 
3.      Estrategia para captación de demandas 

IV.   Socio Agro Producción 

1.     Reconocimiento y valoración de conocimientos locales y  
        ancestrales 
2.     Organización de pequeños productores (gestión productiva,
        empresarial y comercialización) 
3.     Agricultura familiar 

En complemento a la agenda temática del PROCITROPICOS, fueron identificados los siguientes Temas Transversales y Temas Potenciales, pasibles de ser incorporados en actividades futuras. 

Temas Transversales 

1.     Seguridad y soberanía alimentaría 
2.     Agregación de valor 
3.     Sustentabilidad 

Temas Potenciales 

1.     Poscosecha 
2.     Agricultura orgánica 
3.     Frutales tropicales 
4.     Plantas medicinales 
5.     Productos forestales maderables y no maderables