La operacionalización de los Temas Prioritarios se dará a través de las Redes de Investigación, Desarrollo e Innovación (Redes de I,D&I): Cacao, Café, Agroenergía, Producción Animal, Acuicultura, TROPIGEN y Sistemas Agrícola, Forestal y Pastoril. Las redes serán implementadas a través de actividades tales como Proyectos de I,D&I, Intercambio de información y conocimiento, Capacitación, Comunicación y Articulación Institucional y podrán cubrir uno o más ecosistemas del Programa (Amazonía, Sabanas y Piedemonte). El seguimiento y evaluación de las redes se dará por medio de talleres específicos o foros virtuales. Nuevas redes, resultantes de la prospección de demandas en temas potenciales, podrán ser incorporadas a lo largo del periodo.